En un lateral de la plaza de San Juan de la Cruz, se alza el Museo Nacional de Ciencias Naturales, del cual vamos a conocer lo que podamos. El 17 de Octubre de 1771, Carlos III creó el Real Gabinete de Historia Natural a partir de las colecciones del comerciante criollo Pedro Franco Dávila (Guayaquil, 1711 - Madrid, 1786), las cuales tenía en París, donde residía, y que eran inmensas e impresionantes; Franco Dávila pertenecía a diversas Sociedades y Academias internacionales y su capacitación era tan alta, que se le ofreció la presidencia del Real Gabinete, que ocupó hasta su fallecimiento. La compra de la colección que poseía Dávila, corrió a cargo de otras Sociedades y nobles españoles, la primera residencia la tuvo en el Palacio de Goyeneche en la calle Alcalá, que compartió con la Academia de Bellas Artes de San Fernando siguiendo un postulado ilustrado en el cual ciencia y arte se unían (ver foto actual debajo). La exposición abrió sus puertas el 4 de noviembre de 1776, sin distinción de procedencia o clase social de sus visitantes. A partir de ahí comienza una gran labor de captación de restos por todas las provincias, compra de colecciones privadas, intercambio con otros países, etc. hasta que el edificio se queda pequeño y se programa otro que elaboraría Juan de Villanueva a partir de 1785, el que hoy conocemos como Museo del Prado. Con la invasión napoleónica, el Real Gabinete se cerró, lo que no impidió el saqueo de sus tesoros, en parte rescatados posteriormente. En 1895, Antonio Cánovas como Presidente del Gobierno, ordena el traslado inmediato de todo el material en dos días a los bajos de la actual Biblioteca Nacional y Museo de Arqueología, lo que obligó a un desaforado trabajo que, no obstante, duró meses, previa protesta de eminentes científicos como Ramón y Cajal.
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